Pavel Stodůlka dostal během své kariéry řadu cen, přesně před čtyřmi lety to byla soška z konference z Francie, tou zatím poslední je Ocenění za mimořádný přínos očnímu lékařství z Indie. Kromě toho se v roce 2005 se stal osobností Zlínského kraje, o dva roky později obdržel Cenu města Zlína za práci v očním lékařství, stal se Lékařem roku 2010 (Jeseniova cena), z Milána si přivezl ocenění za nejlepší video o operaci šedého zákalu. Dokonce vlastní Stříbrnou medaili Senátu ČR, kterou získal za zásluhy a rozvoj oční chirurgie a dlouholetý přínos oční medicíně. První místo získal v soutěži EY podnikatel roku 2014 Zlínského kraje a jeho práce byla oceněna i dvěma speciály magazínů, v roce 2011 byl odborníky vybrán mezi 100 nejlepších lékařů v časopise Týden a v podobné anketě v roce 2015 ho redakce časopisu Téma zařadila mezi 60 největších lékařských kapacit.